《石渠宝笈续编》启动于乾隆五十六年（1791）春正。因为从《石渠宝笈初编》完成之后的四十余年间，每遇帝后大庆朝廷盛典，“臣工所献古今字画又不知凡几”。王杰、董诰、彭元瑞、金士松、沈初、阮元、那彦成等奉命于是年正月开始编纂《秘殿珠林石渠宝笈续编》。内容在初编的基础上又增加了历代旧拓法帖、清宫所刻《三希堂墨妙》拓本，以及南巡、大阅、礼器、卤簿、职贡等图。不再评分等次，论述与考证则更为详尽。体例集明清诸家特别是孙承泽、卞永誉、高士奇著述之长，不仅对作品的描述、诸家的题识、印章著录更为详备，更以按语的形式对作品及其流传等作多方面的考证，对作者、跋者的生平都有较详细贴切的介绍，体例比初编更为完备，“是以既博且精，非前代诸谱循例着录者所可同日语也”。

《石渠宝笈三编》启动于嘉庆二十年（1815）二月，上谕着英和、黄钺、姚文田、胡敬等参与编著。增加了嘉庆宸翰及南薰殿所藏历代帝王及圣贤名臣画像。著录及按语更为详尽，所载收传印记各就其先后次序登录，更周到地考虑到后之览者的核实考订。 由于《石渠宝笈》藏品数量大，卷帙浩繁，因此开创了以收藏地点分卷，以玺印异同分编的全新体例。《石渠宝笈初编》上等书画钤五玺：“乾隆御览之宝”“乾隆鉴赏”“三希堂精鉴玺”“宜子孙”“石渠宝笈”。次等钤二玺“乾隆御览之宝”（或“乾隆御赏之宝”）、“石渠宝笈”。不论上等、次等，都加盖藏殿阁印，如“乾清宫鉴藏宝”或“御书房鉴藏宝”等。 《石渠宝笈续编》在上述五玺外，加钤“石渠定鉴”“宝笈重编”及殿阁印。此即所谓“八玺全”者。已入《石渠宝笈初编》的作品，又经重题品鉴者，则加盖“石渠继鉴”印。据阮元《石渠随笔》卷八所记，凡无“石渠定鉴”“宝笈重编”二玺者，则都不入《石渠宝笈续编》，“或贮库，或发盛京，或赏诸王及军机大臣，南书房尚书房翰林”。 《石渠宝笈三编》在乾隆五玺之外加钤“嘉庆御览之宝”“嘉庆鉴赏”“宝笈三编”诸印，有时在乾隆三玺“乾隆御览之宝”“石渠宝笈”“宜子孙”外加钤嘉庆三玺及殿阁印。